با توجه به اینکه بدنه اصلی شرکت بهسازان انرژی زیگورات از اعضای هیئت علمی دانشگاه هستند بخش تحقیقاتی از فعال ترین بخش های این شرکت بشمار می رود. در حال حاضر در این شرکت موضوعات تحقیقاتی زیر در دست اقدام می باشند:
- ساخت واحد نیمه صنعتی تسخیر دی اکسید کربن از گازهای حاصل از احتراق
- کاربرد بیومس در ابعاد کلان از پسماندهای کشاورزی